該實驗設計在金瓜寮溪建立了四個生態樣區,分別是以攔砂壩為界,上下游各兩個實驗樣區,以對照自水庫入侵金瓜寮溪的曲腰魚對原生溪魚的生態影響。每個月必須執行一次調查,由於研究核心是探討掠食者(曲腰魚)和被掠食者(獵屬魚種)的關係,因此釣手們分別以路亞、西式毛鉤、手竿餌釣釣取目標魚種,每個樣區垂釣四十分鐘,然後蒐集採集魚種進行長度和重量的測量,並且紀錄當日的水溫、PH值、容氧量。
目前該調查執行約有半年的時間,大致上可以發現一些生態趨勢。棲息於翡翠水庫的曲腰魚會趁著河水高漲時,上溯至金瓜寮溪內,當溪流水域充斥著曲腰魚時,原生溪魚幾乎被捕食殆盡,反倒是中游的攔砂壩阻隔曲腰魚繼續上溯,因而保全了原生的溪流生態。除了曲腰魚外,金瓜寮溪上下游也出現了不少人為放流的外來魚種,例如鯉魚和吳郭魚,這使得原生溪流魚類的生態面臨挑戰。
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